校长拒绝转学并威胁注销学籍不合法。从法律角度看，学生享有受教育的权利，学校应尊重学生的转学需求并按规定办理。若学校无故拒绝并威胁注销学籍，则侵犯了学生的受教育权和正当权益。若学籍真被注销或面临无法转学的困境，表明问题已较严重，应及时寻求法律途径维权。
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处理方式：从法律角度，面对此类问题，学生及家长可采取以下常见方式处理：一是与学校管理层沟通协商，明确转学理由和法律依据；二是向教育主管部门投诉举报，请求其介入调查并纠正学校行为；三是提起行政诉讼或民事诉讼，维护自身合法权益。选择时，应综合考虑问题的紧迫性、证据充分性及个人诉求，选择最适合的方式。
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具体操作：1.沟通协商：首先尝试与学校管理层理性沟通，明确表达转学意愿及法律依据，如《义务教育法》的相关规定，争取学校理解与支持。2.投诉举报：若沟通无果，可向当地教育局或教委提交书面投诉，附上转学申请、学校拒绝证明等证据材料，请求教育主管部门责令学校改正。3.法律诉讼：若投诉仍未能解决问题，可准备充分的证据材料，如学籍证明、转学申请记录、学校拒绝及威胁的书面或录音证据等，向法院提起行政诉讼或民事诉讼，要求法院确认学校行为违法并恢复学籍或赔偿损失。